Um convite de Dom Carlos Carmelo de Vasconcelos Motta fez com que os Irmãos retornassem o trabalho educacional em São Luís e reabrissem o Colégio com o nome de Ginásio Maranhense São Francisco de Paula. Depois de 12 anos funcionando no prédio dos Arcebispados, os Irmãos Maristas foram para o centro da cidade, onde instalaram a sede da escola, com o nome de Colégio Marista Maranhense.

Por sua direção, passaram 25 diretores. Em 25 de agosto de 2020, o Colégio Marista Maranhense completou 90 anos de fundação. Nessas décadas, formou gerações de bons cristãos e virtuosos cidadãos. Suas sementes ficarão plantadas nos milhares de corações de alunos, pais, educadores, funcionários e amigos que construíram sua história ao longo de sua caminhada.

Em 13 de novembro de 2004, o Marista prossegue sua atuação na Ilha de São Luís, agora no município de São José de Ribamar, como Colégio Marista Araçagy.

Inicialmente com o prédio do Educação Infantil (Maristinha), sob gestão do Irmão Claudino Falchetto (Superior Provincial) e do Irmão Manoel Alves (Diretor-Presidente da UBEE- UNBEC). Em 2006, foi inaugurado o bloco do Ensino Fundamental e Ensino Médio (Maristão), que interinamente foi dirigido pela leiga Phaedra Baptista e posteriormente pelo Ir. Humberto Lima Gondim, seguido dos diretores Ir. Alexandre Lucena Lôbo, Ir. Joventino Laquini, Ir. Inácio Ferreira Dantas, Ir Jair Emerson da Silva, Ir Luiz André da Silva Pereira, atual diretor da unidade.

O Colégio Marista do Araçagy, com 16 anos de atuação, está em constante movimento, sempre buscando os melhores recursos a fim de aprimorar os espaços que já possui. Desde 2019, destacamos: inauguração da Sala Maker, Sala de Robótica, Laboratório de Matemática, Laboratório de Ciências e reinauguração da Piscina Olímpica.  O colégio tem sempre investido na renovação de diversos espaços e processos pedagógicos.