O Regimento Interno do Colégio Marista São José contém as finalidades e objetivos educacionais de cada segmento pedagógico, além da estrutura organizacional adminstrativa e pedagógica da escola. Este documento foi elaborado em novembro de 2007 pela União Brasileira de Educação e Ensino (UBEE), mantenedora do Marista São José.
Em abril de 2009, a secretaria escolar publicou um adendo ao regimento sobre avaliação.